细菌16S rDNA 序列比对，谢谢

这么说吧，NCBI是个乱七八糟的地方，很多序列是不可信的。
你只看匹配率就行了，其他不用管。
比如我分离得到的一个新的细菌，比对之后发现最相近的是是E.coli,但是其实相似度最高也不过92%，换句话说，我分离得到的这个细菌根本不是埃希菌属的，但是NCBI上提交序列的时候必须要求你填写属名，否则好多序列都是gen. sp.了，不成了废话了么？好吧，那写就写吧，写啥？我只能硬着头皮写我分离的这个菌是E. sp.

然后你也分离得到一株菌，和我的其实是一个属的，很相近，只不过这个属还没有建立起来，然后你上NCBI比对，就纠结了，怎么会是埃希菌呢？因为我写了埃希菌，所以你也变成埃希菌了。

情况就是这么个情况。

咋办？
有两个办法，一个是你谷歌搜索Eztaxon，进去第一个就是，那是个韩国人建立的个人网站，是对NBCI的序列进行了筛选，只留下IJSEM认可的，也就是国际公认的标准菌株的16s序列。这就比NCBI靠谱。但是毕竟是个人网站，难免有纰漏和更新不及时的问题。
所以有第二个办法，上http://www.taxonomicoutline.org ，这是地球上最权威的细菌和古菌分类白皮书，隔几年更新一次，对照它你看看NCBI和韩国人那个网站的比对结果有没有错误，缺少或者冗余的序列，修改、增加或者剔除。最后再比对。当然最好是构建系统发育树，比单纯的序列比对靠谱多了。

最后你就发现，天啊，怎么那么烦啊。悲剧的是，事实就是那么烦。

哦，对了，忘了说了，因为白皮书实在是太权威了，包括棒子那网站，更新比较慢，有些新近发表或者准备发表的文章的菌种还来不及收录，你还得上IJSEM的网站上去查最近发表的或者in press的文章有没有相关的序列。

哎~~其实这个活应该是要在上面的基础上构建系统发育树的，如果认真按照规范最好的话，起码得付万把块钱的工资，因为实在是太烦了。>_<